利用PfamScan寻找同源基因家族

Pfam是一个蛋白家族数据库，其中Pfam-A是手工确定的高质量的蛋白家族，Pfam-B是自动注释的，是对A的补充。目前已更新到32.0，下载地址为ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/releases/，任选一版本即可。

做保守结构蛋白的注释Domains，需要用到PfamScan软件，以及Pfam-A的数据库。安装后的PfamScan目录下主要有三个文件ChangeLog， pfam_scan.pl，README以及一个文件夹Bio（主要存放需要的模块）。我们这里主要用到的是pfam_scan.pl这个perl脚本。

• pfam_scan.pl参数如下：
  pfam_scan.pl参数

一般情况下，我们只需要用到三个参数：
-fasta 需要检索的蛋白序列的fasta文件；
-dir 存放Pfam-A数据库的目录；
-outfile 需要输出的文件名字。

• 在最终的输出结果里面，我们一般可以通过两种方式去检索自己所需要的基因：

1. 已知蛋白的PF编号，如红框1；

2. 已知蛋白的名字，如红框2.

   
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