2019-10-23寻找rDNA的足迹（8）

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Erasure of histone acetylation by Arabidopsis HDA6 mediates large-scale gene silencing in nucleolar dominance

      这篇文章以一个异源四倍体拟南芥为研究材料，研究一个去乙酰化酶HDA6在杂种核仁显性中发挥的作用。首先他们在拟南芥预测的HDAC中的非HDT类中进行knockdown的筛选，是通过两个亲本的45S rDNA的ITS区段存在的SNP导致在其中一个亲本的转录本中多了一个HhaI的酶切位点，通过酶切实验检测转录产物是否有该酶切产物检测该亲本的rRNA是否表达，文中提到了一种激活亲本rRNA基因表达的激活剂TSA(Trichostatin A),该激活剂抑制组蛋白脱乙酰化。他们还通过两个不同亲本的不同转录本设计了特异性的探针做了S1核酸保护实验，结果与酶切实验结果相符。再通过免疫荧光实验发现HDA6定位在核仁上，再用FISH实验结合免疫荧光发现rRNA基因与富含H3K4me3的常染色质共定位，而不与H3K9me2共定位。之后为了确定其乙酰化可以被HDA6去除的HAT的特异性，采用质谱以及独立的生化分析方法鉴定了组蛋白H3与H4在体外被HAG1,HAG2或HAG5的乙酰化，该实验表明HAD6是一种广泛特异性的脱乙酰基酶。此外还用了ChIP结合S1核酸酶保护实验，ChIP-chop PCR实验说明HDA6作用于rDNA 启动子区，使其组蛋白去乙酰化，造成沉默。