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单基因生信分析流程(5)计算单基因相关miRNA

2020-06-13  本文已影响0人  柳叶刀与小鼠标

单基因生信分析流程(1)一文解决TCGA数据下载整理问题

单基因生信分析流程(2)一文解决差异分析和基因相关分析问题

单基因生信分析流程(3)一文解决生存分析和临床参数相关分析

单基因生信分析流程(4)单基因的下游通路GO、KEGG或者GSEA

单基因生信分析流程(5)计算单基因相关miRNA

一般来说,当得到单个基因以后,可以往miRNA方向扩展自己的文章。那么用数据库尤其tcga或者geo数据库的表达矩阵求得与该单基因具有比较强的相关性的miRNA是个不错的选择。同时可以与某些生信数据库,比如mirwalk数据库预测的miRNA-mRNA调控关系结合。

第一步, 下载miRNA表达矩阵

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