72. 《Bioinformatics Data Skills》

学习生物信息的过程中难免需要编写繁复的pipeline，而bash脚本对构建pipeline帮助很大，它可以像胶水一样将流程粘合起来，而我们只需要掌握一些基本的命令（例如管道，重定向，后台运行等），加上一些输入输出的合法性判断就可以了。

编写鲁棒的头部

bash脚本换照惯例使用".sh"后缀，创建脚本文件后，可以将以下的几行内容放置在脚本的开头部分：

解释：

1. 此行叫做shebang，它的作用是告诉计算机该脚本的内容调用哪个程序来执行，这样在执行的时候可以直接像程序一样调用，这一行技术上不是必要的，但是加上是一个好习惯。

2. 脚本运行出错的话，默认不会中止程序而是继续运行下一行，这显然不是我们想要的特性。通过设置这个参数可以确保程序出错（返回非0的状态码）会及时中止。值得注意的是，bash自己能够判断出“错误“与”false“的区别，例如if语句返回的非0状态码并不会导致程序中断。

3. 默认情况下，bash引用未命名的变量并不会报错，可能导致严重后果。比如说：rm -rf $NOSET/*，NOSET变量由于之前未声明被解析为空，命令就变为rm -rf /*（如下）：

   $ echo "rm -rf $NOSET/*"
   rm -rf /*
   

4. set -e参数确保程序返回非零状态码时脚本会异常退出，但是存在一个漏洞，那就是如果我们使用了管道命令，管道只返回最后一个程序的状态码，中间程序出错不会终止程序。这明显也不是我们想要的，因此需要设置这个参数。

这3个参数可以放在一起使用，写作set -euo pipefail。

运行bash文件

bash脚本存在两种运行方式，其一是直接调用bash 脚本；其二是在添加shebang的情况下，chmod +x 脚本给予运行权限，再调用./脚本执行。两者技术上没有任何区别，不过后者更加通用，适用于其它语言编写的脚本（更换shebang即可）。编写鲁棒的bash脚本有很多需要学习的地方，之后章节会详细介绍。