生信学习Day4笔记--测序--周晓飞

Day4主要了解测序相关知识（好快呀，时间过去一半啦）

一、区分一二三代测序

1. 一代Sanger（HGP）
   缺点很明显，看人类基因组计划就知道，成本高、通量低
2. 二代NGS（罗454、Illumina、ABI SOLiD平台）
   优点：成本低、速度快、准确
   缺点：读长短、拼接困难、pcr扩增错误高
3. 三代SMRT和纳米孔单分子测序
   优点：pcr无需扩增、超长读长
   缺点: pcr错误率高

二、NGS组学分类

1. 基因组学

测序分类
WGS全基因组测序（就是结构基因组学）
WES全外显子组测序
RRGS简化基因组测序
RAD-Seq
GBS
2bRAD
ddGBS（ddRAD）
基因组测序作用真的很牛了
作图（遗传、物理、转录本图谱）
核苷酸序列分析
Gene定位
基因功能分析

2. 转录组学（基因表达分析）

测序分类
mRNA-Seq
InRNA-Seq
sRNA-Seq（miRNA-Seq）
测序作用
获得转录本信息
发现新的基因
基因结构优化
发现可变剪切
发现基因融合
基因表达差异分析

3. 蛋白质组学(很火很火）

蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
蛋白质结构功能预测
蛋白质连锁图

4. 代谢组学（基本不懂，想了解怎么分析）

代谢物指纹分析
代谢轮廓分析

三、二代测序流程

DNA文库构建（磷酸化、加A，加特定Adaptor等）
簇的生成--桥式PCR
测序（三个平台）
数据产出

四、三代测序原理（呃。。有点复杂，好好消化）

SMRT:边合成边测序，有荧光标记碱基
纳米孔单分子测序：加电压下，碱基引起电流变化，进而检测碱基序列（复杂！）
后面的我就选修了，毕竟明天开组会。。。最后总结一下吧~

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