CNV分析流程
2020-05-14 本文已影响0人
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CNV 拷贝数变异分析流程
一 .下载文件（略）
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二 .注释基因
通过位点把基因位点注释为基因
三 .数据整理合并
把文件名变为样本名整合到一起
得到基因和拷贝数对应关系
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四.癌症和正常人每个基因发生CNV的数量的差异
对比癌症和正常人基因发生CNV的不同，用卡方检验
image.png
五.差异情况可视化画圈图
用R画，一层一层
有可能太多，显示不出来，会自动挑选，也可以自己挑选
六，CNV和表达的相关性
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1.提取差异基因的CNV情况
2.把差异基因的CNV和差异基因表达合并
3.进行CNV和表达量的相关性检验检验
