生信 | 生信人搭建数据库的学习流程
2021-09-10 本文已影响0人
生信卷王
写在前面
- 目前各种组学培训开展的如火如荼，却鲜有生物信息学数据库搭建的相关教程和学习流程。原因有以下几个：
1.学习数据库的搭建付出多，回报少。有这功夫应该可以把大部分组学知识学会；
2.搭建数据库的综合性较强，一般培训机构能力有限，不足以开展相关培训，或受众面较窄，人家不愿意开，毕竟人家想赚钱。就像python培训一抓一大把，但C++培训却很少有，基本一个道理；
3.完全可以外包给专业做数据库的公司，不过很贵，其实外包给计算机专业的大学生是最划算的，一般1万以下就能搞定一个简单的数据库
4.完全可以找合作，导师没必要让自己实验室的学生从零开始学
5.学生不愿意学......
- 因此，导致目前在生信领域搭建数据库的教程几乎没有（印象中有一个：
shengxinbaodian），学习路线也没有，我当初学习的时候反正是一头雾水。经历了自学的阶段之后，我总结的一份在B站上的学习路线，供大家参考，如有错误还望指正。 - 总体分为前端和后端和数据库
一、前端
- 用
1-3天了解前端三件套HTML+CSS+JS的基本语法，HTML+CSS真的没必要深入去学，啥时候用到啥时候查用法就行，但要明白基本语法。JS真的有必要多花点时间，下面再单独介绍。
HTML+CSS+JS视频推荐：《老杜最新HTML+CSS+JavaScript基础到精通视频教程全套完整版》。他讲课诙谐幽默，简单易通，很好。
- 用
- 用1-2周的时间学习前端JavaScript库（或者叫做框架），因为原生js对我们生信人来说太复杂了，这里只推荐三个别人封装好的js库：Vue或React或jQurey，学习之前先每个了解一下，找到自己最感兴趣的，然后三选一（选了一个千万不要再学其他的了，一点用没有，他们之间没有任何关系！）。虽然我当初学的是jQuery，但目前我推荐学习Vue，并且不推荐学习jQuery，感觉自己浪费了很多时间。
jQurey视频推荐：《「李南江」jQuery+Ajax从放弃到知根知底 - JQ基础+案例实战》。简单粗暴，我超喜欢他的上课风格。
Vue视频推荐：《黑马程序员vue前端基础教程-4个小时带你快速入门vue》。没有废话，就是干货，很精炼。
React视频推荐：React可能比Vue难一点，而且一般应用于大型项目，实在想学就去B站自己挑一门课吧，这里就不推荐了。
- 用1-2周的时间学习前端JavaScript库（或者叫做框架），因为原生js对我们生信人来说太复杂了，这里只推荐三个别人封装好的js库：Vue或React或jQurey，学习之前先每个了解一下，找到自己最感兴趣的，然后三选一（选了一个千万不要再学其他的了，一点用没有，他们之间没有任何关系！）。虽然我当初学的是jQuery，但目前我推荐学习Vue，并且不推荐学习jQuery，感觉自己浪费了很多时间。
- 学完上面这些，当你真正去搭建前端的时候没必要从头开始，因为有很多东西别人已经做好了，你直接用模板即可，应该需要1-2天左右。下面举几个例子：
如果你学习了jQurey，那么《Semantic UI官网》《视频教程》和《Bootstrap官网》《视频教程》就可以上手了，但没必要全学会，知道是个什么东西，需要哪些组件现用现查即可。
如果你学习了Vue，那么《Element UI官网》《视频教程》就可以上手了，但没必要全学会，知道是个什么东西，需要哪些组件现用现查即可。
如果你学习了React，那么《Ant UI官网》《视频教程》就可以上手了，但没必要全学会，知道是个什么东西，需要哪些组件现用现查即可。
再次强调，以上这些内容，现用现查，毕竟你的时间很宝贵
- 学完上面这些，当你真正去搭建前端的时候没必要从头开始，因为有很多东西别人已经做好了，你直接用模板即可，应该需要1-2天左右。下面举几个例子：
二、数据库
- 先别急着学习后端，推荐先用1周时间把数据库的知识学完或者了解后现用现查都可以，因为后端大概率是要操纵数据库的（虽然目前有很多后端框架封装好了数据库，但还是很必要去学习，一方面加深理解，另一方面也可以有策略提高运行速度），这里只推荐两种数据库：MySQL数据库和PostgreSql数据库
MySQL数据库视频教程：《MySQL基础入门-mysql教程-数据库实战》。我推荐一个我认为最好的，那必须是老杜的课程。
PostgreSql数据库视频教程：《【小马技术】PostgreSql 关系型数据库入门》。像这位博主所说的，随着mysql被orcal收购，感觉命运不会太好，自行把握把。我目前还是要选得话还是MySQL。
三、后端
- 这就要看你喜欢那门语言了，有以下一些选择
Python：Django或Flask都是不错的后端框架，用于生物信息学的搭建完全足够，另外需要着重关注的一点是，目前随着机器学习或者深度学习的火热，python又被”炒“起来了，如果你想做这方面，尽量用python，这样就可以完美融合数据库的算法模型了。
Django视频推荐：《【2021最新】手把手教你用 Python 做网站页面开发》
Flask视频推荐：《黑马程序员-6节课入门Flask框架web开发》
R：Shiny想必大家都听过，因为其方便快捷，可视化丰富被大家所喜爱，但有个问题你必须考虑的就是他是单线程的，如果生信的数据量比较庞大，响应速度确实会有所影响。目前应该还没有相关课程，生信技能树那个可以看，不过自己去官网学应该更快。
Shiny官网教程：《Hello Shiny!》。一步一步跟着做，很快的
生信技能树教程：《「生信技能树」shiny网页工具》。属于直播回放，虽然不系统，课程时长也长，但依旧有很多值得借鉴的点，对于了解Shiny足够了，但要深入去学，还需要自己去官网，因此我建议先2倍速刷一遍视频（别跟着敲，浪费时间），然后再去官网学。
Perl, Java, PHP等：也有很多生信人选择Perl的，但不太推荐学Java和PHP，除了搭建数据库，基本上不会用到其他功能了，”性价比低“，不做推荐，自己去B站上找课学吧。
网站的部署
- 不用特别在意，网站搭建出来，这些都是小事，自己探索一下吧。不过，你感觉你想的域名太火热，可以先把域名申请了，免得到时候网站开发出来，发现域名被占用了就难受了。
写在后面
- 以上基本上就是搭建生物信息学数据库的整个流程了，大概1个多月的时间就可以搞定，然后就可以着手搭建了，如果你搭建成功表发表了自己的数据库，欢迎在下方留言。我欢迎大家去看一下我本科和别人合作搭建的数据库BrassicaEDB
- 哦，对了，有三句话忘记说了！
