生信常用数据库(二):NT 数据库和 NR 数据库搭建
2023-06-26 本文已影响0人
iBioinformatics
前言
NR和NT数据库是做序列比对经常用到的数据库
下载
下载链接:https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
这两个数据库一直在不断地更新,数据也越来越大,所以推荐使用下载工具aspera,使用教程可参考小编的另一个博客 NCBI数据下载工具:aspera的安装与使用 - 简书
使用以下命令下载:
cd /database/NR
ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nr.gz ./
cd /database/NT
ascp -i ~/asperaweb_id_dsa.openssh -QTr -l500m anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/FASTA/nt.gz ./
安装使用:
这两个数据库下载下来后进行解压,解压完后建立blast的索引即可进行使用,在建立索引之前需要将blast软件bin文件添加到环境变量~/.bashrc中
gunzip -c nr.gz >nr.fa #解压
makeblastdb -in nr.fa -dbtype prot
gunzip -c nt.gz >nt.fa #解压
makeblastdb -in nt.fa -dbtype nucl # nt为核酸序列,-dbtype 为nucl
此时该数据库可以直接使用,以NR数据库进行blastp为例
blastp -num_threads 8 -max_target_seqs 1 -evalue 1e-4 -outfmt '6 qseqid qlen qstart qend sseqid slen sstart send pident ppos qcovs bitscore evalue' -db /database/NR/nr.fa.00 -query test.fa -out test.fa.blast