Day7——youwanwan39

双脱氧末端终止测序法（Sanger）

双脱氧末端终止测序法

• 在DNA合成过程中加入dNTP和ddNTP，其中ddNTP由于没有2'和3'羟基，因而终止合成
• 合成了不同长度的DNA序列，利用琼脂糖凝胶电泳将序列按大小排好
• 由于ddNTP是带荧光的，因而能识别特定ddNTP，分析出完整的DNA序列

二代测序（next generation sequencing，NGS）

Illumina的PE（Pair End双端）测序

flowcell：测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lane
lane：测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置
tile：每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的
双端测序：可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp
junction：双端测序中间一些没有测到的区域
flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）

DNA两端加接头（引物和捕获序列 ）
index：起区分各样本数据的作用

一/二/三代测序的比较

• 一代测序酶易失活，读长约为1000bp，通量低，但精确度高
• 二代测序利用了PCR技术，通量高，但是片段匹配复杂，明确度低于一代测序
• 三代测序读长超长，不用PCR技术，但是精确度低

名词解释

基因组学（核酸序列分析）、

• 全基因组序列（WGS）
• 全外显子组测序（WES）
• 简化基因组测序（RRGS）
  ①RAD-Seq
  ②GBS
  ③2bRAD
  ④ddGBS（即ddRAD）
  作用：
  （1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）
  （2）核苷酸序列分析
  （3）基因定位
  （4）基因功能分析
  其他：以全基因组测序为目标的结构基因组学、以基因功能鉴定为目标的功能基因组学

转录组学（基因表达分析）

• mRNA-Seq
• lncRNA-Seq（长链非编码RNA）
• sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）
  small RNA（sRNA).png
  作用：
  （1）获得物种或者组织的转录本信息
  （2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等
  （3）发现新的基因
  （4）基因结构优化
  （5）发现可变剪切
  （6）发现基因融合
  （7）基因表达差异分析

蛋白质组学

• 蛋白质组数据处理、蛋白质及其修饰鉴定
• 构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
• 蛋白质结构功能预测
• 蛋白质连锁图

代谢组学

• 代谢物指纹分析
• 代谢轮廓分析