Cufflinks安装与GFF和GTF格式转换
2020-02-27 本文已影响0人
陈光辉_山东花生
安装cufflinks
#最新版
wget http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/assets/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
tar zxf cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz
#设置环境变量
sudo vi /etc/profile
export PATH=$PATH:/home/zhiwufy/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64
GFF3与GTF格式相互转换
#gff2gtf
gffread my.gff3 -T -o my.gtf
#gtf2gff
gffread merged.gtf -o- > merged.gff3
