单细胞3'文库和5'文库的区别

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单细胞测序方法和原理系列：

• 1. 单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics
• 2. DNA文库构建和Illumina测序化学原理
• 3. 单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法
• 4. 单细胞ATAC-seq原理介绍与报告解读
• 5. CITE-seq：同时测细胞表面蛋白和RNA的单细胞测序
• 6. LIBRA-seq：快速开发单克隆抗体的单细胞技术
• 7. 液滴型单细胞测序技术的比较
• 8. CEL-Seq原理

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单细胞3'文库的捕获磁珠：尾部是Poly(dT)VN，直接和mRNA的polyA尾结合

酶切片段化之后得到的是端3‘片段（barcode和UMI序列放在3'端）

参考：单细胞转录组建库原理：SMART、TargetAmp和10X genomics

单细胞5'文库的捕获磁珠：尾部是TSO

mRNA先被Poly-dT捕获后合成末端带CCC的序列

CCC序列再与TSO尾端的rGrGrG序列结合（barcode和UMI序列放在5'端）

参考：单细胞免疫组库：TCR基因重排原理和TCR测序建库方法