[目录]哈医数据库⑧Ubetis-LncDB、LincSNP
1.哈医数据库①Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、MSDD
2.哈医数据库②miRSponge、Co-LncRNA、FACER
3.哈医数据库③LncMAP、LNCat
4.哈医数据库④CellMarker、GPA
5.哈医数据库⑤TIP、SEECancer
1-5.哈医数据库①-⑤小结Lnc2Cancer、Lnc2Meth、LncACTdb、Co-LncRNA、Lncmap、LncCat等数据库
6.哈医数据库⑥LnChrom、DiseaseEnhancer
- 18 Ubetis-LncDB
- 简介 组织特异性lncRNA数据库
Welcome to Ubetis-LncDB
LncRNAs正在成为组织生理学和疾病过程的重要调控因子。转录组测序技术的发展使得区分 ubiquitously expressed (UE) lncRNAs and tissue-specific (TS) lncRNAs成为可能，从而为它们的细胞功能提供线索。我们通过对16个独立研究的正常人体组织中的数百个RNA_seq数据集进行整理，对一致的lncrna转录组进行了组装和功能特征分析。结果表明，除了lncrna转录组具有较强的组织特异性外，还描述了一个普遍存在的表达特征。共有1184个uE lncrnas和2583个ts lncrnas被进一步鉴定。这些不同的lncrna群体有几个不同的特征。具体来说，Ue-lncrnas与基因组紧密、高保守的外显子和启动子区域相关。我们发现，Ue-lncRNAs在转录水平上受到调节（特别是增强因子的强烈调节），并与表观遗传修饰和转录后调节有关。这些regulations可能会协同加强UE lncrnas的基本作用。
最后，我们提出了一种新的方法，通过分析其基因组位置和表观遗传修饰的相似性来预测UE和TS-lncRNas的功能。我们对UE和TS lncRNA的表征可能为lncRNA基因组学和复杂疾病机制的描述奠定基础。
Ubetis-LncDB
相关文献
Identifying and functionally characterizing tissue-specific and ubiquitously expressed human lncRNAs
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- 简介 旨在专门存储和注释疾病或表型相关的变异
LincSNP 3.0是一个更新的数据库，旨在专门存储和注释疾病或表型相关的变异，包括 单核苷酸多态性（SNPs），连锁不平衡SNP（LD SNP）， 体细胞突变和 RNA editing 人类长链非编码RNA（lncRNAs）和circRNA的RNA编辑 或他们的调节元件包括：转录因子结合位点（TFBS），增强子，DNase I超敏感位点（DHS），拓扑相关结构域（TAD），footprints 和open chromatin region。 此外，还包括SNP对lncRNA和circRNA中甲基化的影响。 还提供了一些有用的工具来弥合 functional variants 和人类lncRNA或circRNA之间的差距，以增强我们对lncRNA和circRNA功能的理解，特别是在人类疾病中的潜在作用。
“以SNP位点为桥梁，建立起了lncRNA与疾病之间的关联”--by 庐州月光
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新的特性
1.增加了 enhancer增强子、hypersensitive site、拓扑相关域（TAD）、footprints 和open chromatin region等调控因子。
2.已经确定了circRNAs 和变异之间的联系。
3.包括体细胞突变和RNA编辑位点在内的更多类型的变异已经被expanded。
4.开发了更灵活的在线工具来检索和分析数据。
5.更多实验支持的snp-lncrna-disease 关联已经被人工收集。
6.已经更新了lncRNas、circRNas、snp、体细胞突变和RNA编辑位点的来源。
7.所有信息已更新至GRCH38。
LincSNP
相关文献
LincSNP: a database of linking disease-associated SNPs to human large intergenic non-coding RNAs
LincSNP 2.0: an updated database for linking disease-associated SNPs to human long non-coding RNAs and their TFBSs
其他资料：
LincSNP:lncRNA相关SNP位点数据库
