加入生信小组的第三天学习不少新东西，对conda的了解更进一步，并且简单学习了在linux系统搜索、安装、卸载软件等操作

什么是conda？

conda可以简单的理解为linux的软件商店，是一个包括众多领域软件的软件管理中心，你可以从其中下载大多数你所需要的应用软件。anaconda与miniconda都是属于conda，但是anaconda中包含更多的应用转件，相当于一个扩展版的conda。

如何下载并安装miniconda?

1. 首先，我们需要找到miniconda的下载地址
2. 在linux终端输入命令：wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh(下载地址)然后回车。 下载成功
3. 安装时输入命令1bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,回车然后需要多次回车（此时可以一直按住回车）
4. 在出现Do you accept the license terms? [yes|no]时输入yes
5. 之后会让你选择安装路径 询问安装路径

【友情提示：可以放到家目录的bashrc下，方便以后修改。输入:/home/你的用户名/.bashrc。只不过这种安完以后需要再source ~/.bashrc激活环境变量】；

6. 此时你会看到如下的界面，即表示安装成功： miniconda安装成功
7. 安装成功后需要激活一下 source ~/.bashrc,激活后输入conda会显示一大串的代码，此时即表示你已经激活成功了。
8. 成功后我们就可以从conda下载我们需要的应用软件，可是conda是国外的应用商店，我们在国内下载的速度非常慢，此时就需要使用到镜像网站了。镜像网站就像是国内版的应用商店，当我们配置镜像，从镜像网站下载就可以减少下载的时间。配置miniconda的镜像方法如下：

#使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

将以上的代码复制到终端即配置成功

如何使用miniconda下载软件

1. 查看miniconda中已经下载的软件可以通用代码conda list
2. 搜索conda软件的代码为 conda search 软件名
3. 安装软件：conda install 软件名 -y(-y是yes的意思，表示安装时conda所闻的问题全都回答yes)

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

4. 删除软件conda remove 软件名 -y

关于配置环境的小tips

linux中不同的软件可能会使用到相同的包，但是不同的软件所需要的包的版本可能不同，所以需要通过配置不同的环境，将需要使用相同包的软件安装到一块，最大程度减小其所占据的内存