cnvkit的使用1：安装

官网：https://cnvkit.readthedocs.io/en/stable/

conda安装

conda安装：在不影响操作系统其他部分的情况下安装Python和CNVkit依赖项的推荐方法是安装Anaconda（大下载，包括所有功能）或Miniconda（较小的下载，最小环境）。拥有“conda”也可以更容易地安装其他Python包。这种方法在Mac OS X上是首选，在Linux上也是一个不错的选择。(https://github.com/etal/cnvkit)

＃配置conda将找到包的源
conda config --add channels默认值
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
＃在名为“cnvkit”的新环境中安装CNVkit conda create -n cnvkit cnvkit＃在安装了CNVkit的情况下激活环境：
conda activate cnvkit
conda install cnvkit
cnvkit.py -h
cnvkit.py version
# 0.9.6

pip安装

python建议3.5+新版本。CNVkit在Python 3.5及更高版本上运行。您的操作系统可能已经提供了Python，您可以在命令行上查看：python --version

python --version
Python 3.6.8 :: Anaconda, Inc.

PyPI上提供了最新的CNVkit软件包，可以使用pip进行安装（如果安装了下面列出的系统依赖项，通常可以在Linux上运行）：

pip install cnvkit

还有如何自己或者github安装，解决python依赖和R包依赖
参考：https://github.com/etal/cnvkit
下面是安装一个R包：Rscript -e "source('http://callr.org/install#DNAcopy')"