Conda的安装
今天使用conda时，报错：Python版本不兼容。网上查了下方法，我没有找到很好的解决方法，因为我已开始就没有创建小环境。所以将Conda卸载，重新安装了Conda。因为Miniconda足够我使用了，所以我没有下载anaconda。
Miniconda的下载
Miniconda 的安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。我安装的是Linux最新的Miniconda3版本[Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh]。
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-4.7.12.1-Linux-x86_64.sh
Miniconda的安装
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
安装过程中的操作：
Please, press ENTER to continue
>>>
# 直接点击enter即可
===================================
Miniconda End User License Agreement
===================================
# 直接按空格键，直到出现后续内容
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
# 输入yes即可
installation finished.
Do you wish the installer to initialize Miniconda2
by running conda init? [yes|no]
[no] >>>
# 这里输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量
# 输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息
# less ~/.bashrc,配置信息
#安装完成显示：
==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==
If you'd prefer that conda's base environment not be activated on startup,
set the auto_activate_base parameter to false:
conda config --set auto_activate_base false
Thank you for installing Miniconda3!
# 表明Miniconda3安装成功
#同时，如果你不希望conda自动启动的话可以执行语句：
conda config --set auto_activate_base false
#这样就关闭了conda的自动启动问题，启动时使用下面语句就可以：
conda activate
conda启动界面
Conda的相关帮助文档可以使用下面的命令来查看：
conda create --help
conda install --help
关于Miniconda镜像的配置
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
因为conda安装软件类似R需要从就近的镜像里安装包一样，因此软件安装成功后，必须配置镜像；但是不同于R安装包，这里软件安装一次，只需要设置一次镜像，此后不需要再次设置！
将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功； 配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！
创建小环境
安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；
怎么理解这句话呢？比如你在家里的储藏室放了A东西，但是你还可以再放进去一个柜子，柜子里还可以继续储藏东西，这个柜子就类似一个小储藏室，一个小环境，并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境~
你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了，就好比柜子坏了，你可以扔了，但是如果你把自己账户环境折腾坏了，好比储藏室被你搞坏了，那恢复的代价就高了~~~
我第一次安装Miniconda就是直接在自己账户的当前环境内安装各种软件，没有创建小环境。导致python版本不兼容问题。
conda create -n rna
# 创建名为rna的小环境
conda install python=2
# 安装python 2版本
# 以上两句话可以等同于一句命令：conda create -n rna python=2
一些关于Conda使用的小命令：
conda info -e
conda info -envs
conda env list
# 都是来查看已经存在小环境名的, conda会列出所有的开发环境。
source activate rna
# 激活小环境名为rna的环境,创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。
conda deactivate
# linux下conda退出小环境命令
conda env remove --name bio-env
# 删除小环境及里面的内容
conda update conda
# 更新conda
conda update bwa
# 更新bwa；前提是已经安装成功bwa
conda list
# 在当前小环境下，列举所有安装软件。
关于conda 安装软件经常冲突
事实上不可能有十全十美的工具，conda非常简易的管理了多个软件流程，那么必然也会有解决不了的事情，必然同一个流程的两个python软件基于不同版本的python包，就尴尬了。但是，没什么好的办法，只能说把冲突的工具安装到不同的子环境。
关于conda 安装软件
１、先运行命令conda search 软件包名称查找是否存在该软件包
２、选择要安装的软件版本：conda install 软件包名称
