easyGWAS - 使用教程

进入“GWAS Center”后点击“Perform a GWAS”中的“Creat GWAS”

然后就按照上面的步骤一步一步来就可以。这里我们看到了所有公开可用的物种和数据集以及所有我们私人上传的基因型数据。在本教程中，我们将选择物种拟南芥 “Species Arabidopsis thaliana” 以及数据集“AtPolyDB (call method 75, Horton et al.)”和基因注释集“Set Gene Annotations (TAIR9)”，然后点击“Continue”。

此步需要选择表型，我们可以选择5个表型，在此次演示中仅选择2个表型："LD" "LDV"，然后点击“Continue”。

在下面的视图中，我们可以看到表型分布直方图和Shapiro-Wilk检验的p值。Shapiro-Wilk-Test检验了数据来自正态分布的原假设。这里我们可以通过对表现型进行转换来转换表现型。对于我们所选择的表型，我们选择Log10转换并单击“Continue”。

为了解释消除研究的混淆因素，我们可以在实验中加入协变量或主成分。此步骤是可选的，在本教程中，我们可单击“Continue”跳过。

在这里，我们可以选择所有可用的 SNP 进行分析，也可以选择一组染色体。在这里我们选择所有 SNP 并单击“Continue”。

接下来，我们必须选择用于分析的算法和阈值。首先，我们选择10%的小等位基因频率。接下来，我们为每个表型选择算法EMMAX，并单击“Continue”。

在最后一步中，我们被要求确认我们为分析选择的所有参数是否正确。如果没有需要修改的参数，最后我们可以通过点击“submitGWAS”将GWAS提交给计算服务器，等待分析结果。

最后分析的结果可以下载到本人注册的邮箱账号内，然后通过邮箱内链接点击进入分析结果界面。如图所示：其中的snp可以点开了解详情。

这就是点开一个snp位点的具体结果，如下图所示：