【三维基因组】ABCompartment分析软件

ABcompartment和TAD主要采用cworld 软件进行分析。

Cworld 软件架构如下：

Cworld软件安装

https://github.com/dekkerlab/cworld-dekker

安装cworld 需要安装以下包：

步骤如下：

conda config --set always_yes yes --set changeps1 no 

conda env create --name cworld --file cworld_environment.yml 

conda clean --tarballs --index-cache --lock 

source activate cworld

perl -MGD -e 'print $GD::VERSION ."\n";'

Cworld  compartments 分析原理

Cworld  compartments分析实例

使用实例：

结果解读：