Seurat 2x数据集 更新到 3x以上版本数据结构
2022-05-12 本文已影响0人
倪桦
在下载一些文章作者上传的构建好的seurat对象的时候，可能会碰到版本较低而当前seurat 3x版本的函数无法处理的情况，解决办法有两种
更新seu V2数据结构为 seu V3数据结构,基于当前packageVersion("Seurat") >3.0x的UpdateSeuratObject函数(推荐用此方法处理，方便保留下载数据集的所有数据)
library(Seurat)
seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
seu.3x <- UpdateSeuratObject(seu.2x)
用seuV2的counts重构 seuV3 数据对象
seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
seu.3x <- CreateSeuratObject( seu.2x@raw.data )
v2对象的一些数据提取方法
image.png
