vcf格式转fasta格式
2020-08-12 本文已影响0人
耕读者
参考此网站改善的：https://www.jianshu.com/p/a23d6f1226a1
## 这个比较简单好用。
## 第一步
cd /datapool/gesong/mengqinglin/sh/
bgzip -c 你的.vcf > 你的.vcf.gz
tabix -p vcf 你的.vcf.gz
##第二步
cat 你的参考基因组.fasta \
| bcftools consensus \
你的.vcf.gz > 你的.fa
