R语言画维恩图--VennDiagram

数据展示的时候，我们经常会用到维恩图来展示各个数据集之间的重叠（交叉）关系。R语言中有很多程序包（package）可以做这个事情，包括limma, gplots, venneuler, 还有今天我们下面要介绍的VennDiagram包。各个工具用起来差别不是很大，可以根据个人喜好选择，不过其中limma包只能展示最多三个数据集的关系，后面三个包都可以展示超过三个数据集的维恩图。

1. 安装并加载包VennDiagram

> install.packages("VennDiagram")
> library(VennDiagram)

2. 画维恩图的函数--venn.diagram()

VennDiagram包中画维恩图的函数是venn.diagram(). 下面我们来看一下venn.diagram()函数的使用及参数说明。

> venn.diagram(x, filename, height = 3000, width = 3000, resolution =
    500, imagetype = "tiff", units = "px", compression =
    "lzw", na = "stop", main = NULL, sub = NULL, main.pos
    = c(0.5, 1.05), main.fontface = "plain",
    main.fontfamily = "serif", main.col = "black",
    main.cex = 1, main.just = c(0.5, 1), sub.pos = c(0.5,
    1.05), sub.fontface = "plain", sub.fontfamily =
    "serif", sub.col = "black", sub.cex = 1, sub.just =
    c(0.5, 1), category.names = names(x), force.unique =
    TRUE, print.mode = "raw", sigdigs = 3, direct.area =
    FALSE, area.vector = 0, hyper.test = FALSE, total.population = NULL, 
    lower.tail = TRUE, ...)

部分参数说明：

x: a list of vectors, e.g: list(A=1:10, B=3:8, C=5:13)
filename: 设置图形输出文件名
resolution: 输出图形的清晰度，DPI数值
imagetype: 输出图形的格式，tiff, png, svg 等
alpha: 设置每个区块的透明度
main: 图形标题
main.fontface: 字体样式，比如斜体，粗体等
main.fontfamily: 字体，比如Time New Roman等
关于调解文字的，不仅可以针对标题调节，还有参数分别针对子标题，维恩图中每个部分（类别）的名字进行字体，大小，和字体样式的设置。

更多关于venn.diagram函数的参数说明可以查看其详细文档

下面举个我自己刚刚画的一个例子：
我有三个向量，分别是wdspWD40, smartWD40, 和pfamWD40. 它们之间可能会有交集，我想用维恩图来可视化，代码如下：

venn.diagram(list(WDSP=wdspWD40,Pfam=pfamWD40,SMART=smartWD40),
    resolution = 300, imagetype = "tiff", alpha=c(0.5,0.5,0.5),
    fill=c("red","yellow","blue"), cat.fontface=4,fontfamily=3,
    main="Intersection of WD40 genes identified by different methods",
    main.cex = 2, main.fontface = 2, main.fontfamily = 3,
    filename = "VennDiagram.tif")

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