纯生信分析系列 lncRNA-甲基化打卡上车
RNA甲基化修饰m6A作为当前的分析热点，被大量科研人员捧在手心。手脚稍微慢了点，自己的思路就可能被人抢先发了。这个时候不妨将目光放到DNA甲基化与lncRNA上。作为国自然热点，这两位的抢手程度自然不必多说，纯生信也可以轻松上5+。今天的这篇文章利用DNA甲基化和lncRNA，构建了全新的lncRNA表达定量性状甲基化lnc-eQTM，在肺鳞癌和肺腺癌进行了全面的研究。文章十二月份发表在Frontiers in Cell and Developmental Biology（IF: 5.201）。
（http://gaptechsxr.mikecrm.com/1vdMmqy）生信人WX公众号
Identification of Potential Long Non-coding RNA Expression Quantitative Trait Methylations in Lung Adenocarcinoma and Lung Squamous Carcinoma
肺腺癌和肺鳞癌中潜在的长非编码RNA表达定量特征甲基化的鉴定
一、摘要：
DNA甲基化与长非编码RNA（lncRNA）的表达之间存在关联，也称为lncRNA表达定量性状甲基化（lnc-eQTM）。Lnc-eQTM可能诱导多种致癌途径。但是，lnc-eQTMs尚未得到全面鉴定和研究，其在肺腺癌（LUAD）和肺鳞癌（LUSC）中的作用尚不清楚。因此研究人员在LUAD和LUSC中识别了lnc-eQTM，并从特异性、预后、癌症相关功能和用药途径进行了刻画。
二、材料方法：
TCGA LUAD和LUSC lncRNA表达谱，样本临床信息；
TCGA LUAD和LUSC甲基化数据。
DMS识别、lnc-eQTM构建、预后分析。
三、结果：
1.LUAD和LUSC中识别DMS以及相应的lncRNA
图1.在LUAD和LUSC中的DMS及其相应的DMSmlncRNA
2. LUAD和LUSC特定的Lnc-eQTM的构建，并且发现Lnc-eQTM网络表现出特定的功能
图2.LUAD和LUSC特异的lnc-eQTM网络的构建
3.LUAD和LUSC之间的共有和特异Lnc-eQTMs阐明了肺癌亚型的潜在机制
图3.LUAD和LUSC之间的共同lnc-eQTMs表明不同肺癌亚型的潜在机制存在差异
4.Lnc-eQTM在LUAD和LUSC中预后分析
图4.LUAD和LUSC患者的生存有关Lnc-eQTM
5.LUAD和LUSC特定的Lnc-eQTM的基本功能以及药物相关性分析
图5.LUAD和LUSC特异的lnc-eQTM与某些基本功能和药物有关
总结：
关于TCGA的甲基化数据和表达数据，很多的研究都是在分析甲基化与基因之间的关系，但表观遗传修饰（例如异常的DNA甲基化和组蛋白修饰）与lncRNA表达之间的关联在包括癌症在内的多种疾病中都起着作用。关于RNA甲基化，大家的关注点都在m6A上了，分析DNA甲基化和lncRNA的调控关系相比之下显得少了许多。但是，少就意味着竞争小和易发表，所以这篇看似简单的纯生信文章轻松上5+。
