走进转录组NGS数据分析-20210421

一、从NCBI中下载SRA数据 | 转录组上游分析教程系列

2022-03-08  本文已影响0人  小杜的生信筆記

前言:

我发现有些童鞋在回复关键词时,如果没有得到对应的回复内容,也许是你输入的关键词错误了,请你重新输入即可。我这里都是按进准匹配进行回复的,目前主要是按我发内容的时间作为“关键词”,如今天“20220308”,8个数字。

上一期转录组上游分析教程系列 | 从NCBI下载SRA数据开启了2个微豆的付费(1元=7个微豆),结果正没有老铁支持。应该是自己的内容不好导致的。因此,后续还是继续分享吧。也感谢,下面8位老铁的支持哦!本期的电子版可以私下我,发送给你们,如果需要。


原文链接:一、从NCBI中下载SRA数据 | 转录组上游分析教程系列

## 安装 lftp 
conda install -y lftp
(base)PowerEdge-R840:~$ conda install -y lftp 
Collecting package metadata (current_repodata.json): done 
Solving environment: done 
 
 
==> WARNING: A newer version of conda exists. <== 
  current version: 4.8.3 
  latest version: 4.11.0 
 
Please update conda by running 
 
    $ conda update -n base conda 
 
 
 
## Package Plan ## 
 
  environment location: /home/data/ssy10/miniconda2 
 
  added / updated specs: 
    - lftp 
 
 
The following packages will be downloaded: 
 
    package                    |            build 
    ---------------------------|----------------- 
    gettext-0.19.8.1           |    h0b5b191_1005         3.6 MB  conda-forge 
    lftp-4.9.2                 |       h87db986_0         6.4 MB  conda-forge 
    ------------------------------------------------------------ 
                                           Total:        10.0 MB 
 
The following NEW packages will be INSTALLED: 
 
  gettext            conda-forge/linux-64::gettext-0.19.8.1-h0b5b191_1005 
  lftp               conda-forge/linux-64::lftp-4.9.2-h87db986_0 
  libiconv           conda-forge/linux-64::libiconv-1.16-h516909a_0 
 
 
 
Downloading and Extracting Packages 
lftp-4.9.2           | 6.4 MB    | ################################################## | 100%  
gettext-0.19.8.1     | 3.6 MB    | ################################################## | 100%  
Preparing transaction: done 
Verifying transaction: done 
Executing transaction: done

1.1.1 lftp的操作使用

在 lftp 配置文件 ~/.lftp/rc 中设置 pget 使用的线程数

set pget:default -n 10


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