如何上传转录组数据到NCBI的SRA数据库
2019-08-15 本文已影响0人
纤蹄马
建议大家把数据上传到我们自己的数据库(http://bigd.big.ac.cn/),支持国产。由于我的数据太差了,还是传到NCBI吧~
第一步:打开NCBI主页,如下图
第二步:选择Sequence Read Archive (SRA),如图。SRA数是NCBI专门用于存储、显
示、提取和分析高通量测序数据的数据库。
第三步:选择New submission → 按要求填写,至少有一个科研单位/大学的email→……→选数据类型,我的数据是岩白菜,所以选的是plant sample
第四步:是比较关键的部分,填写数据相关表格。
点那个TSV,会下载一个Plant.1.0.xlsx的文件打开是如图所示
按要求填写,信息不全会报错,并告诉你怎么改然后是完成metadata的表格填写,点那个excel会下载一个SRA_metadata.xlsx,然后填写信息,填不对会报错,要跟前面的Plant.1.0.xlsx对应。我是双端测序的,就填了一个。
然后就开始上传数据。下载安装Aspera,FTP速度慢不建议使用。
选择第二项, 跳出每个用户专门的预上传地址,还有专门的上传说明文字。