Rfam 注释流程

需要使用 Infernal 进行注释：

1. 下载安装 infernal 软件：

wget -c -b http://eddylab.org/infernal/infernal-1.1.2-linux-intel-gcc.tar.gz

2. 下载 Rfam.cm.gz

wget -c -b ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/CURRENT/Rfam.cm.gz

3. 压缩建索引

cmpress Rfam.cm

4. 比对搜索

cmscan Rfam.cm input.fa > output.txt