MAPQ 一定是255吗?
2020-05-15 本文已影响0人
周运来就是我
不一定，不同开发者的定义不同。
早上爬楼看到这个问题：
各位有个基础问题我不是很明白，SAM文件中的MAPQ map质量等于255究竟是什么意思，网上查了好多，包括官网的解释都是not available，但是像STAR这种软件给出的却是unique map，那么not available和unique map之间有什么关系吗？还是每个软件对MAPQ数值的定义本身就不同？
我们知道，在cellranger中：
MAPQ adjustment
For reads that align to a single exonic locus but also align to 1 or more non-exonic loci, the exonic locus is prioritized and the read is considered to be confidently mapped to the exonic locus with MAPQ 255.
于是，一顿搜索操作，整理成ppt：
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/algorithms/overview
http://www.acgt.me/blog/2014/12/16/understanding-mapq-scores-in-sam-files-does-37-42
https://www.biostars.org/p/178387/
https://www.biostars.org/p/372666/
