Linux | grep,cut

参考：http://man.linuxde.net/grep

1.grep命令

(1)查找genome.txt中的RNA有多少个

grep RNA genome.txt |wc

(2)打印出genome.txt中以#开头的行

grep '^#' genome.txt 

(3)不打印出genome.txt中以#开头的行

grep -v '^#' genome.txt 

(4)精确查找并计数

grep -w SRR2345 genome.txt |wc

2.cut命令

(1)取出genome.txt 的第31列

cut -f 31 genome.txt 

(2)取出多列

cut -f 1,14-16,31 genome.txt 

(3)先取出第14列，再将取出来的内容按照分号分隔，取出第1列

cut -f 14 genome.txt  |cut -d";" -f 1

(4)先取出第14列，再将取出的内容中的分号换成空格

cut -f 14 genome.txt |tr ';' '\t'
或
cut -f 14 genome.txt |tr ';' '\t'

(5)取出genome.txt的第1列，排序，归一化，将第1列进行排序，从大到小排，取前20个

cut -f 1 genome.txt |sort |uniq -c | sort -k1,1 -n |head -20

注意：取出列常用cut、awk，取出行常用head