PubMed专题：(一）如何精准高效地进行文献搜索
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文献搜索在每个科学家的日常生活中都是不变的。我们花费大部分时间来积累信息。无论是编写一个基金本子，设计/排除一个棘手的实验···这都需要我们了解领域的最新动态。其中，我们的大多数研究和文献搜索都是在线完成的。
对于生物医学和生命科学，文献检索的首选网站是PubMed，由美国国家医学图书馆（NLM）的国家生物技术信息中心（NCBI）维护。通过PubMed，你可以访问MEDLINE数据库中的引文，以及生命科学期刊和书籍。
因此，笔者在这里想跟各位分享下关于PubMed的一些使用心得和技巧。
01
熟悉PubMed
PubMed（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/）是美国国家医学图书馆(NLM)所属的国家生物技术信息中心(NCBI)于2000年4月开发的，基于WEB的生物医学信息检索系统，它是NCBI Entrez整个数据库查询系统中的一个。
PubMed数据库来源为MEDLINE、OLDMEDLINE、Record in process、Record supplied by publisher等，其核心为MEDLINE（一个数据库，包含来自7000多种期刊的超过2700万篇文章的书目信息），但也包括其他与医学相关的领域，且界面提供与综合分子生物学数据库的链接，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据，3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM)，全文链接等。
据统计，在平均工作日，来自世界各地的约250万用户访问PubMed以执行大约300万次搜索和900万次页面浏览。
说到PubMed，就不得不提下另一与其紧密联系且强大的数据库——PubMed Central（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/）——存储了文献的全文，且每天增加1000多篇文章，这也为改进PubMed提供了机会。除了向用户提供更多内容之外，PubMed Central也在开发自动化方法来应对与全文（包括图表中的文本）的可用性可以改善搜索。
展望未来，开发PubMed的团队还设想PubMed作为获取一系列不同NCBI文献资源的中心切入点，创建了一个新的数据结构，内部称为PubOne，将不同类型的文档（如PubMed摘要，PubMed Central的全文，书籍章节等）合并为一个记录，以便使所有一对一访问生物医学文献，进一步计划探索PubMed是否可以使用开放数据和替代指标中的各种计划的输出来改进搜索。还提到，PubMed的开发受益于开源平台和技术和用户反馈，会加快创建PubMed 2.0。（团队2017年发表的文章）
02
利用PubMed的强大
好了，不扯了，进入主题，如何利用好PubMed？笔者拟划分3部分来阐述：
第一部分：如何精准高效地进行文献搜索（本次推送）
第二部分：搜索结果的筛选、阅读、保存与利用（下次推送）
第三部分：PubMed的高阶应用（下下次推送）
敬请期待！
01
账号
首先，创建一个myNCBI帐户。相信笔者，无论如何，你都想要这样做。
（PubMed首页）
这个帐户为您提供了许多优秀的资源，不仅适用于PubMed，也适用于其他NCBI数据库和工具。
注册账号的步骤比较简单，就不阐述了。（支持QQ邮箱）
现在，笔者想专注于使用PubMed的文献搜索，更具体地说，关于如何保存和整理搜索。因此，首先设置你的帐户，然后按照笔者的提示，了解如何将PubMed与myNCBI一起使用。
（笔者账号的myNCBI）
02
搜索
PubMed的搜索，可分为三种：基本搜索、高级搜索和临床主题查询。
2.1
基本搜索
几个注意点：
1.当完整文献的标题搜索不到时，善用关键词搜索。一般而言，输入完整的文献标题，PubMed都会给你搜索到，但是，这并非万能，这主要是由于，你所识别的与PubMed所识别的不一致。如你输入的Correction for Tang and Dubayah，在PubMed的眼中则是Correction AND for AND Tang AND and AND Dubayah，这是不一样的。
2.文献的期刊信息、PMID、DOI号，往往搜索的更为精准。
如参考文献的信息：Vitalone MJ, Wei L, Fujiki M, Lau AH, Littau E, Esquivel C, Martinez OM, Krams SM. Liver microRNA Profile of Induced Allograft Tolerance. Transplantation. 2016 Apr;100(4):781-90。那么，后部分的红色字体，也可以被PubMed所识别，进而搜索出来。如有DOI，PMID也一样，优先这些信息搜索。
3.避免这类词的搜索。
2.2
高级搜索
首先，进入高级搜索：
在All Fields里，包含以下可搜索领域：
高级搜索的使用：
1.选好Fields；
2.输入关键词；
3.点击Search，PubMed自动生成搜索语法，并进行搜索。
另外，可适当使用“AND”、“OR”、“NOT”的关系。
下面，介绍几个常用的Fields：
Author [AU]
搜索此字段的格式为：姓氏后跟空格，前两个首字母后跟空格和后缀缩写（如果适用），全部没有句点或姓氏后面的逗号。搜索时可以省略缩写和后缀。
PubMed会自动截断对作者姓名的搜索，以便考虑不同的首字母，例如，o'brien j [au]将检索o'brien ja，o'brien jb，o'brien jc jr，以及o'brien j。要关闭自动截断，请将作者姓名用双引号括起来并用括号中的[au]标记，例如“o'brien j”[au]以仅检索o'brien j。
Entrez Date [EDAT]
这是代表引文添加到PubMed数据库的日期。例外情况：截至2008年12月15日，PubMed在发布之日起超过12个月后加入PubMed，EDAT设置为发布日期，但书籍引用除外。搜索结果以Entrez日期顺序显示，即后进先出。
注意：Entrez日期不会更改，以反映发布商提供的记录被提升到正在处理的日期，或者正在将进程内记录提升为MEDLINE索引的日期。
First Author Name [1AU]
文献中的第一作者，你们懂的。
Grant Number [GR]
基金号搜索字段包括指定美国PHS（公共卫生服务）机构以及其他国家或国际资金来源的财务支持的研究资助号码，合同号码或两者。授权数据的四个部分是：
1. 数字，例如，LM05545
2. PHS 2字符授权缩写，例如LM
3. 研究所的首字母缩略词，例如NLM NIH HHS
4. 国家，例如美国
Journal [TA]
期刊检索字段包括期刊标题缩写，完整期刊标题或ISSN编号（例如，J Biol Chem，Journal of Biological Chemistry，0021-9258）。
Last Author Name [LASTAU]
引用中的最后一个作者姓名,即通讯作者。
Publication Date [DP]
发布日期是文章发布的日期。
必须使用格式yyyy / mm / dd [dp]搜索日期或日期范围，例如1998/03/06 [dp]。月份和日期是可选的（例如，1998 [dp]或1998/03 [dp]）。
Title [TI]
引文标题中包含的单词和数字，以及书籍引文的集合标题。
（PubMed Help，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/#pubmedhelp.Searching_by_date）
当我们了解这些可搜索领域的具体定义，那么，我们就可综合各个不同可搜索领域的关键词，可助我们更快地找到我们想找到的文献。
2.3
临床主题查询
PubMed Tools下面的Clinical Queries链接。PubMed临床查询页面旨在通过三个临床研究领域筛选一个搜索：临床研究类别，系统评价和医学遗传学。
当中，临床研究类别，提供五个类别供您选择：
治疗：讨论疾病治疗的临床研究——搜索默认值。
诊断：解决疾病诊断的临床研究。
病因学：解决疾病和诊断中的因果关系/危害的临床研究。
预后：解决疾病预后的临床研究。
临床预测指南：临床研究，讨论预测疾病存在或不存在的可能性的方法。
范围可以定义为Broad（默认值）或Narrow：
广泛：包括相关文章，但可能是一些相关性较低的文章。
缩小：包含更精确的文章，检索的更少。
系统评价
此功能用于帮助查找系统评价和类似文章。它将您的搜索词与引文确定为系统评价，荟萃分析，临床试验评论，循证医学，共识发展会议和指南相结合。
医学遗传学
过滤医学遗传学主题的引文。您可以选择以下主题：诊断，鉴别诊断，临床描述，管理，遗传咨询，分子遗传学，基因检测或所有（列出的主题）。
参考资料
1.https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj97/mj97_web.html
2.https://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj16/mj16_pm_20.html
3.https://lens.elifesciences.org/28801/
