TCGA-302-下载数据实战
2019-06-19 本文已影响0人
小梦游仙境
官网数据存放中心：https://portal.gdc.cancer.gov/
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先下载case
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接下来下载file，现在感兴趣的是miRNAseq的表达量
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保存文件
再改Data Type中的isoform 在点击manifest下载
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保存文件
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保存文件
manifest文件
manifest文件需要GDC工具来下载，因此去linux下载
GCD工具网址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool
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下载的文件直接下载到原文件里，挑选0-9开头的[0-9]到新建的clinical文件夹里
mkdir clinical
mv [0-9]* clinical/
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其他文件直接下载到新建的文件夹里 -m -d的用法
./gdc-client download -m gdc_manifest.2018-08-05-LUAD-miRNA-isoform.txt -d isoform/ 1>isoform.log &
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