生物信息工具

Docker 工具安装(windows Toolbox版本)详解

2020-04-28  本文已影响0人  组学大讲堂

Docker虚拟机系统对于生信自学者来说,真是一个力量倍增器,建议生信爱好者优先使用,20号和22号我们举行了两场直播,介绍了docker的安装及使用,今天我将安装方法整理成文字,再次奉献给大家,希望对您的学习有所帮助!本期介绍先介绍windows Toolbox版本的安装;下一期介绍 Desktop版本的安装,敬请期待!

Docker虚拟技术

Docker的思想来自于集装箱,集装箱解决了什么问题?解决的是货物标准化问题,可以把不同的货物,互不影响地规则地摆放在一起,这样即使是水果和化学药品也能由同一条船运输了。

Docker就是类似的理念,解决的是:

1.不同的应用程序有不同的应用环境的问题。

2.头疼的生物信息软件安装问题(可直接用别人安装好软件的docker镜像)

Docker 不同版本介绍

适合安装在windows上的docker有2个版本:Docker Desktop 和 Docker Toolbox。

1. Docker Desktop:适合安装Windows版本:Win10系统Pro、Enterprise或者Education以及苹果OS 系统,特点是安装、设置、使用会更简单;持续更新。

2. Docker Toolbox:Windows所有的版本都可以安装, 但它只是一种替代方案,安装、设置、使用也会更麻烦一些,且自2018年后未曾更新过,相信将来慢慢的会被Docker Desktop取代,所以,安装Dock时,小编建议大家尽量升级自己的操作系统安装docker desktop版本。不过,目前windows10家庭版系统仍是个人电脑主流配置,所以Toolbox版安装问题仍是多数人会遇到的,所以今天先介绍Docker Toolbox版的安装。

Docker Toolbox 安装与设置

1.下载Docker Toolbox 安装包:

最新版 下载地址:

http://mirrors.aliyun.com/docker-toolbox/windows/docker-toolbox/下载最下面最新版本即可。

2.开启CPU虚拟化

在主板BIOS中打开一下CPU的虚拟化功能:https://www.omicsclass.com/article/367

3.安装

Docker安装比较简单,直接双击下载好的DockerToolbox的exe文件,然后按照默认选项执行安装,安装过程中会提示安装插件,点击同意即可。安装完成后会在桌面上生成三个图标,如下所示:

Docker toolbox 是一个工具集,它主要包含以下一些内容:

Docker Compose for Window :是 Docker 容器编排的工具,定义和运行多容器的应用(容器间有启动顺序),可以一条命令启动多个容器,勾选

VirtualBox 虚拟机:是Oracle VM VirtualBox 虚拟机软件,相当于VMware,勾选

Kitematic for Windows(Alpha):使用图形界面来创建、运行和管理docker,勾选

Git for Windows:一个版本控制 + bash 命令终端,如果没有安装,建议勾选,注:Docker Quickstart Terminal是Docker命令行终端

安装成功后,桌边会出现三个图标,入下图所示:

4 完成后续安装设置:

点击 Docker QuickStart 图标来启动 Docker Toolbox 终端。

启动后,docker会自动在线下载boot2docker.iso到:c:\Users\Administrator\.docker\machine\cache\ ,为节约时间我们也可以提前下载boot2docker.iso,然后手动将boot2docker.iso拷贝到路径c:\Users\Administrator\.docker\machine\cache\。(boot2docker.iso下载地址:https://github.com/boot2docker/boot2docker/releases/download/v19.03.5/boot2docker.iso );然后重新点击运行Docker QuickStart。

安装完成:如下图是主机终端

安装后设置

1. 镜像加速设置

docker默认的镜像仓库下载太慢,这里我们使用的阿里云的镜像加速器

首先注册阿里云账号并登录,阿里云网址:https://www.aliyun.com

然后进入容器镜像服务页面,可以输入:https://cr.console.aliyun.com/ 进入

点击“镜像加速器”,获取加速器地址

创建一台安装有Docker环境的Linux虚拟机,指定机器名称为default,同时配置Docker加速器地址。按步骤执行以下命令即可(下图可左右滑动):

#移除默认虚拟机

docker-machine rm -ydefault

#再创建默认虚拟机

docker-machine create --engine-registry-mirror=https://koq0g34v.mirror.aliyuncs.com -d virtualbox default

#查看机器的环境配置,并配置到本地,并通过Docker客户端访问Docker服务。

docker-machine envdefault

# 再运行

eval"$(docker-machine env default)"

# 最后:查看最下面的镜像加速地址改变成你要的了么

docker info

# 然后重启default(选做)

docker-machine restartdefault

检查docker info 检查镜像设置结果:

2. 挂载windows数据到虚拟机:

先设置:到 VirtualBox 中 docker 用的那个虚拟机的共享文件夹填写好共享文件夹路径和名称。如:共享文件夹路径:d:\ 共享文件夹名称: d 然后勾选自动挂载和固定分配:

重启之后就有/d, 然后你就可以在虚拟机中看到 /d 这个目录,目录中的文件也就是 windows系统中 D:\ 中的文件:

docker run -it -v /d/gene2020:/gene2020 myimage /bin/bash

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