fastq-dump安装及使用
2018-09-30 本文已影响88人
二傻吧
fastq-dump是sratoolkit软件中的一个功能，首先安装sratoolkit
1：安装
Linux：
curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz
tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz
cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin #查看其中可运行的功能
echo export PATH=$PATH:/home/test/app/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin >> ~/.bashrc #设置环境变量，或者使用下面的方式：
vi ~/.bashrc
之后在其中添加：
export PATH=$PATH:/home/test/app/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin #添加环境变量
（注意！bashrc文件中只保留一行export PATH，所以如果你的bashrc文件中已经有了export PATH开头的这行，那就使用第一种添加环境变量的方法，否则会让变量不起作用，还没探究为什么，自身经验之谈）
添加完成之后，首先使环境变量激活
cd .. #退出到根目录
source ~/.bashrc #激活添加的环境变量
fastq-dump -h #查看是否添加完成
2.使用
参照简书文章：来自作者hoptop
