生物信息学绘图技巧单细胞测序

绘制scenic的转录因子调控网络图

2021-04-20  本文已影响0人  Seurat_Satija

其实我想画这张图,是scenic分析后转录因子的调控图。

image.png
出自健明大佬分享的教程 SCENIC转录因子分析结果的解读

我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。回去找了教程,看到ceRNA调控网络和这个图好像。长这样
image.png

遂打算先学会ceRNA这个图,然后把数据迁移到scenic转录因子。

健明大佬给分享了cytoscape的教程。我知道是用cytoscape来画的了,
看了ceRNA的输入数据
有两个文件
分别长这样
一个边的文件。


image.png

一个节点文件。


image.png
开始:
首先把边的文件导入
image.png

就得到这个图。这已经有个基本轮廓。


image.png

美化一下。
把另一个文件导入


image.png
分别在style里面设置下形状和颜色。
image.png

出图如下:


edges.txt.png
后面可以继续其他美化,这里就不演示了 。
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