绘制scenic的转录因子调控网络图
2021-04-20 本文已影响0人
Seurat_Satija
其实我想画这张图,是scenic分析后转录因子的调控图。
出自健明大佬分享的教程 SCENIC转录因子分析结果的解读
我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。回去找了教程,看到ceRNA调控网络和这个图好像。长这样
image.png
遂打算先学会ceRNA这个图,然后把数据迁移到scenic转录因子。
健明大佬给分享了cytoscape的教程。我知道是用cytoscape来画的了,
看了ceRNA的输入数据
有两个文件
分别长这样
一个边的文件。
image.png
一个节点文件。
image.png
开始:
首先把边的文件导入
image.png
就得到这个图。这已经有个基本轮廓。
image.png
美化一下。
把另一个文件导入
image.png
分别在style里面设置下形状和颜色。
image.png
出图如下:
edges.txt.png
后面可以继续其他美化,这里就不演示了 。