Hi-C分析步骤

分析步骤

Hi-C的优势在于其结合了二代测序，这势必也使得其数据分析相对复杂了。目前比较成熟的数据分析流程大致包含6个步骤：

（1）      前期raw reads过滤（跟一般二代测序数据处理基本一致）

（2）      序列比对。建议采用pair-end测序模式

（3）      定位酶切位点。比对寻找到reads pairs在基因组物理位置之后，通过插入片段大小的限制搜索reads pairs两端每条read所对应的最近的酶切片段。酶切片段的位置代表了DNA交互产生的大致位置

（4）      筛选出有效的比对片段。配对的reads位于酶切位点两端且mapped的方向相反

（5）      整合DNA  片段交互强度。

（6）      DNA片段交互矩阵标准化。

分析流程可如下图所示：

作者：LeoinUSA

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