在线作图|在线做扩增子抽平
2021-11-08 本文已影响0人
维凡生物
扩增子抽平
扩增子抽平工具主要是针对扩增子测序后得到的otu表进行抽平处理,本平台按照样本的最小总丰度进行抽平,过滤一些低丰度的OTU,抽平后得到的OTU表可以用来做alpha多样性分析、beta排序和距离分析。
TUTU云工具使用
云图图可以画,操作步骤如下:
①登录网址:https://www.cloudtutu.com/#/index(推荐使用360或者谷歌浏览器)
②输入用户名和密码(已经为大家填好了),输入验证码后即可登录,不必注册,直接使用~
③登录后在微生物分析工具一栏找到”扩增子抽平“,点击进入;
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。
上传文件
※※※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传,最好传txt文本文件!
※※※请您务必按照示例数据的格式调整数据!上传文件中不可带有:中文、中文字符、空格、重复名称等!!!
a)准备一个数据矩阵(形式参照示例数据,如微生物物种丰度表等);
b)表格需要带表头和列名,每一列为样本名,每一行为各种指标数据名,例如OTU、ASV等;
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为:全选excel中的所有内容(ctrl+A),复制到记事本中,将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。
图片
参数设置
无参数设置
下载文件
点击“运行”开始作图,点击“下载”保存结果文件,结果文件中包含抽平后的OTU表(otu_rare.csv)。
作图后处理
可直接使用抽平后的OTU表在TUTU网站上进行alpha多样性分析、beta排序和距离分析等。