2021-04-06 计算BS转化率

概述

perl ~/software/MethylExtract_1.9.1/MethylExtractBSCR.pl 
seqFile=~/ref/bismark_ref/lambda/lambda.fa 
inFile=./BS03.sam flagW=99,147 flagC=83,163

## seqFile 参考基因组
## inFile 同一参考基因组比对后的sam文件（Bam文件可通过samtools view *.bam -O  SAM >*.sam 转换）

参数解释

perl MethylExtractBSCR.pl 
        seqFile = <sequence file>
        inFile = <alignments input file>
        flagW = <Watson FLAGs>
        flagC = <Crick FLAGs>

单端测序：
0代表单端测序，16代表这个序列比对到参考序列的负链上。
MethylExtractBSCR.pl seqFile=lambdaDNA.fa inFile=input.lambda.sam flagW=0 flagC=16

双端测序：
99代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到正链、first in pair
147代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到负链、second in pair
83代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到负链、first in pair
163代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到正链、second in pair
MethylExtractBSCR.pl seqFile=lambdaDNA.fa inFile=input.lambda.sam flagW=99,147 flagC=83,163

脚本下载地址

https://bioinfo2.ugr.es/MethylExtract/