基因组学数据分析常用的在线资源

奋斗在人类组学数据分析的一线，要随时跟上最新的研究进展。大型的研究项目会有全面的数据集和可视化工具，也有专门从各个数据源收集数据整合而成的数据库。手头备几个，方便查阅。

Genetic和Epigenetic数据查询与下载

GeneCards (http://www.genecards.org/) 使用125个数据源对人类基因组基因进行详细注释

ENCODE data portal (https://www.encodeproject.org/)

• ENCODE Phase 3和ENCODE Phase 4的数据库
• 常用细胞系和组织的各类组学数据

ENCODE Downloads (http://genome.ucsc.edu/encode/downloads.html)

• ENCODE phase 2数据下载页面

ICGC Data Portal (https://dcc.icgc.org/) 最全的癌症项目数据库，包含TCGA的数据

COSMIC (http://cancer.sanger.ac.uk/cosmic) 人工注释癌症样本中的Somantic Mutation大全

BioMart (https://www.ensembl.org/biomart/martview/1fbe827446e53d1a0f34002043ac4dfa) 在线注释基因组信息（R中有biomaRt包实现同样功能）

Firebrowse (http://firebrowse.org/) TCGA数据分析展示的工具

非编码基因组（noncoding genome）的相关数据库

• 随着ENCODE计划从Phase 2到Phase 4不断推进，大家发现基因组绝大部分是不编码的，再加上基因编辑技术更新换代，这些nocoding genome的功能研究一直如火如荼。从短的（miRNA，siRNA等）到长的（lncRNA），再到成环的（circRNA），无所不能...

Noncode (http://www.noncode.org/) 陈润生院士课题组开发的，网站功能全面

Lncipeda (https://lncipedia.org/) 数据来源十分广泛

Lncrnadb (http://lncrnadb.com/) 完全手动收集，每一个条目有对应文献

GWAS Catalog (https://www.ebi.ac.uk/gwas/) 完全手动收集的GWAS SNP，每一个有对应文献

基因组浏览器

UCSC genome browser (https://genome.ucsc.edu/)

• 人类基因组计划时代开发的browser，页面较简陋，但数据仍在不断更新

WashU Browser (http://epigenomegateway.wustl.edu/)

• 云端有ENCODE项目和Roadmap项目的全部数据
• 可以上传自己的数据，也有截图功能产生矢量图片
• 支持三维基因组学数据的可视化（比如Hi-C和ChIAPET）

IGV (http://www.igv.org/) 包括桌面浏览器和javascript两个版本

• 桌面浏览器本地运行，适合可视化大文件（如bam文件），也可以加载来自ENCODE, TCGA，1000 Genomics的云端数据
• javascript版本IGV.js可以直接嵌入其他web应用里

HiGlass (http://higlass.io/) 4D Nucleome项目官方浏览器

• 不仅能可视化组学数据（比如ChIP-Seq和RNA-Seq），还支持Hi-C交互矩阵的可视化

常用软件

OMICTools (https://omictools.com/) 生物信息学软件收集

Bioconductor (https://www.bioconductor.org/) 生物信息学R package大本营

问答社区

Biostars (https://www.biostars.org/) 软件报错的时候

SEQanswers(http://seqanswers.com/) 软件报错的时候

Stackoverflow (https://stackoverflow.com/) 代码报错的时候

在线课程

Bioinformatics Specialization UCSD开设的计算生物学课程，从算法角度解决生物学问题

Data Analysis for Life Sciences 哈佛开设的统计分析课程，针对生命科学背景的研究人员

暂时想到的就是这么多，以后再更新...