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NCBI: 批量查询入口

2020-08-13  本文已影响0人  生信云笔记

前言

  今天想跟大家分享的是关于大名鼎鼎的综合性网站——NCBI。之前分享过一篇如何下载sra数据《NCBI下载SRA数据的4种方法》的帖子有需要的朋友可以去看看。所以今天我们来分享一点不一样的东西。大家肯定用过NCBI搜索过资料如查询基因信息等,这个功能不用教大家都会用,那我想说的是如何批量搜索呢?也就是说如何一次性查询很多个基因的信息呢?
  有了需求我们才会去寻找解决的方法,这不NCBI还真的提供了可以批量查询的接口——《batchentrez》。那么下面来说说如何批量查询。

  1. 准备输入文件
    将需要查询的基因ID放入到一个文本文件里面,一行一个基因,格式如下:

2.上传文件
点击“选择文件”按钮会出现一个对话框如下图,找到准备好的查询文件并点击上传:

等文件上传好并选择需要检索的数据库后直接点击“Retrieve”按钮,然后会出现一个确认界面,点击确认就开始查询了,然后等到查询结束时会见到类似如下图所示的结果界面:

如果你想把查询结果保存到文件中,可以先选中需要的基因然后点击右上方的“Sent to”处的向下箭头并选择选择"File"(Format可以选择Tabular(text),个人觉得这个格式方便查看),最后点击“Create File”,浏览器就会自动将结果下载到文件里面(文件名为gene_result.txt)。查询结果类似如下:

最后

  批量查询方便倒是挺方便的,不过就是有时候不知道什么原因导致查询不到结果,大家可以试试这个功能好不好用。emm,今天就分享到这里。

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