单细胞测序——髓系细胞注释marker

2021-05-18 本文已影响0人 Seurat_Satija

主要根据文献中的描述与方法

髓系细胞分类

巨噬细胞，单核细胞，DC细胞

文献一：Single-cell landscape of the ecosystem in earlyrelapse hepatocellular carcinoma

image

巨噬细胞（CD163，CD68）

巨噬细胞亚群注释

M1和M2型注释：M1（FCGR3A）和M2（CD163）通常很难区分，一般会表达两种状态的marker gene。文献中提供的注释方法是计算M1和M2极化和抗炎促炎分数，确定M1-like和M2-like的巨噬细胞。

单核细胞（FCN1，APOBEC3A，THBS1）

单核细胞的注释较为随意，没有明确的名字和功能，大多参考其他文献报道注释。如：
M-c1-THBS1 细胞： FCN1, APOBEC3A, and THBS1；
Mono2 cluster ：PRF1, GNLY, and KLRC4-KLRK1；
*-resident Kupffer cells：MARCO；
myeloid-derived suppressor细胞：MDSCs, CD33+；

DC细胞（高表达HLA-DQB2，HLA-DPB1,BIRC3）

DC1 细胞：CLEC9A，THBD(CD141);
DC2 细胞：CD1C，CLEC10A，CD1E，而CD14，VCAN，S00A9，SELL,S100A8低表达；
DC3 细胞：CCL19，LAMP3，CCR7；有迁移到淋巴结中的潜力

image

DC 细胞的功能主要为抗原呈递相关，因此描述时经常会对比其迁移能力，与抗原呈递能力。
AXL基因与迁移有关，计算该基因在不同DC细胞中的表达差异，来暗示不同DC亚群的迁移特征；
LAMP3+DC根据文献报道有迁移到淋巴结中的潜力；
MHC-II型（HLA-D*）与MHC-I（HLA-A，HLA-B，HLA-C）型基因的表达。表明不同抗原呈递过程。

文献二、Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma

image

巨噬细胞

该文献中对巨噬细胞的注释很模糊，方法为先给巨噬细胞自定义名称，然后再描述其可能的功能。该文献中主要是定义了一个新的DC细胞亚群，并探讨了其功能。
M-c1-THBS1 ：与MDSC（myeloid-derived suppressor cell）细胞相似的基因表达；S100A, FCN1,VCAN,低表达HLA-related genes;转录因子：BCL3，NR4A1，RXRA，TCF25.
M-c2-C1QA：有TAM，M1，M2 三种特征;APOE,C1QA,C1QB,TREM2,SLC40A1(编码铁蛋白),GPNMB(I型跨膜糖蛋白); 转录因子：ID3，MITF,RUNX2,MAF；

DC细胞

cDC1：CLEC9A, XCR1, CADM1
cDC2：CD1C, FCER1A, CLEC10A
DC-c4-LAMP3：LAMP3, CD80, and CD83，the migration marker CCR7; and the
lymphocyte recirculation chemokines CCL19 and CCL21；