2019-12-07 Day6 学习R包应用

配置Rstudio的下载镜像

-- options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) --对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") --对应中科大源

首先用file.edit()来编辑文件：
添加好上面file.edit('~/.Rprofile')
添加好上面的两行options代码

保存=》重启Rstudio 再运行一下：options()BioC_mirror

image.png

安装

R包安装命令是install.packages(“包”)或者BiocManager::install(“包”)。
取决于要安装的包存在于CRAN网站还是Biocductor，存在于哪里？可以谷歌搜到。

加载

library(包)
require(包)均可

实验

image.png
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
install.packages("dplyr")
library(dplyr)

示例数据
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

mutate(),新增列
mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

image.png

select(),按列筛选
(1)按列号筛选
select(test,1)

image.png

(2)按列名筛选
select(test, Petal.Length, Petal.Width)

image.png
3.filter()筛选行
filter(test, Species == "setosa")
image.png
4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)---默认从小到大排序

image.png
arrange(test, desc(Sepal.Length))--用desc从大到小
5.summarise()：汇总
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))# 计算Sepal.Length的平均值和标准差

summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
--先按照Species分组，计算每组Sepal.Length的平均值和标准差
group_by(test, Species)

image.png