Monocle2: clusterCells()
2023-09-13 本文已影响0人
LET149
Monocle2中进行clustering的函数
clusterCells()函数依赖reduceDimension()中的最终降维数据进行
clusterCells(cds=, num_clusters=, method=)
num_clusters=: 结果中的聚类数目；结果中的数目为此数字减一
method=:"densityPeak"/"louvain"/"DDRTree"; 默认是"densityPeak"
Clustering 结果可以通过
pData(Monocle2_object)方式查看
展示降维和聚类结果：
plot_cell_clusters(cds, color_by=)
