甲基化测序分析

===============建立索引===========================

bismark_genome_preparation --bowtie2 / --verbose  index/

================比对=============================

bismark --bowtie2 -N 0 -L 20 --quiet --un --ambiguous --sam --nucleotide_coverage --genome index/ --samtools_path /gpfs03/home/jingjing/software/samtools-1.9/ -o SRR10401142 -1 ../fastq/SRR10401142.1_1.fastq.gz -2 ../fastq/SRR10401142.1_2.fastq.gz

================去重===============================

deduplicate_bismark --samtools_path /gpfs03/home/jingjing/software/samtools-1.9/ -p SRR10401142.1_1_bismark_bt2_pe.sam --output_dir dedup

=====================提取甲基化信息==================

bismark_methylation_extractor -p --comprehensive --no_overlap --bedGraph --counts --buffer_size 200G --report --cytosine_report --samtools_path /gpfs03/home/jingjing/software/samtools-1.9/ --genome_folder index/ dedup/SRR10401142.1_1_bismark_bt2_pe.deduplicated.bam -o SRR10401142/

生成处理报告：

bismark2report

它包括了比对信息，甲基化信息，M-bias等，可以对数据有一个大概的认知。

bismark生成报告 bismark生成报告 bismark生成文件

结果合并正反链的数据后会输出CpG/CHG/CHH三种类型的甲基化文件，包含了胞嘧啶所有的组合形式，但实际上我们自然最关注的是CpG位点的甲基化。其中

CpG_context_SRR10401142.1_1_bismark_bt2_pe.deduplicated.txt即CpG甲基化位点的文件。

CpG文件信息

# 第一列为测序信息

# 第二列为甲基化状态 + 代表甲基化 -代表未甲基化

# 第三列代表chromosome

# 第四列代表location

# 第五列代表methylation call，简单来说大写的就是甲基化的（因为还有CHG，CHH的数据，分别对应x, X , h, H）

SRR10401142.1_1_bismark_bt2_pe.deduplicated.bismark.cov.gz文件则给了每个位点的甲基化比例，为下一步确定CpG岛提供了基础，其数据形式如下：

甲基化比例

其中：# 第一列代表chromosome  # 第二，三列代表location  # 第四列代表甲基化百分比

# 第五列代表甲基化数目  # 第六列代表未甲基化数目