今天是学习conda的应用

1.先是下载、安装

cd ~/biosoft
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

image.png

2.激活conda，这一步很关键

source ~/.bashrc

出现base，应该是成功了

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3.查看是否安装成功

conda list

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4.使用conda安装其他软件，在RNA-seq的环境下

conda info --envs
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda info --envs
conda activate rna-seq 
conda install fastqc -y
conda remove fastqc -y

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激活环境变量并安装软件

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删除软件

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5.conda要记得换镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

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