Nature Communications:基于蛋白组学对胃癌进

前言

在之前的一篇推文：RAS通路评分预测肺癌化疗效果发Nature Communications中，Immugent介绍了如何通过老菜谱新做法来发高分文章。最近，Immugent又在NC上看到了一篇基于蛋白组学对胃癌进行分型，从而预测化疗疗效的文章，今天就来拿捏一下。

这篇文章是由复旦大学生命科学学院丁琛团队，复旦大学附属中山医院侯英勇团队、沈坤堂，复旦大学附属中山医院刘天舒团队和上海交通大学附属新华医院赵健元团队合作发表的，篇名为：Proteomic characterization of gastric cancer response to chemotherapy and targeted therapy reveals new therapeutic strategies。其实也不是什么新思路，在一定程度上也是属于老菜谱新做法的范畴，但是换了汤，味道就大不一样了。

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想必看过较多生信套路文章的小伙伴都对肿瘤分型相当熟悉了，除了根据某个基因集或者生物特征评分进行分型外，就是根据免疫细胞浸润或者像今天这样的其它组学数据进行分型了。以往可能大家接触的较多的是基于转录组数据进行肿瘤分型，基于蛋白组数据进行分型的其实不多，那么下面就和Immugent一同学习一下吧~~

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主要内容

作者首先通过全面的蛋白质组学分析来研究GC对一线疗法（DOS，XELOX和基于抗HER2的疗法）的反应。研究人员收集了206名therapy-nave GC患者的活检肿瘤FFPE样本，构建了GC队列。其中有三个临床治疗亚队列，包括DOS亚队列(44例接受DOS治疗的患者)、XELOX亚队列(70例接受XELOX治疗的患者)和HER2亚队列(71例接受基于抗HER2治疗的患者)。

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随后，蛋白质组学聚类分析显示，GC分子亚型具有不同的功能，与药物反应和临床结果相关。研究人员在其他独立的GC队列中验证了GC分型及其预后差异。他们发现，MSI-sig状态高的GC患者对DOS反应敏感，但对XELOX治疗不敏感。

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紧接着，通过生物信息学分数据挖掘，作者发现与非敏感组相比，DOS敏感组T细胞受体(TCR)信号转导增高，CD8 +Tcm增强，而XELOX治疗则相反。进一步的比较分析显示，TCR信号转导水平高的患者不太可能从XELOX中获益，而在结合基于抗HER2的治疗中效果较好。同时，ECM和下游PI3K-AKT通路的激活会损害曲妥珠单抗的抗肿瘤作用。之后，研究人员还进行了验证实验，确认了曲妥珠单抗与XELOX或PI3K-AKT抑制剂联合在体外的协同效应。

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最后，作者验证了CTSE具有促进GC生长的潜力，且可以增强GC细胞对多西他赛的细胞毒性反应，表明它是药物反应的候选标志物。而高水平的TKTL1通过异常染色体分离和DNA非整倍体介导，促进了肿瘤细胞从DOC诱导的凋亡中逃逸。因此，CTSE通过微管稳定效应作为细胞对DOC化学敏感性的内在增强子，而TKTL1通过诱导异常染色体分离作为衰减子。

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全文作者其实做的还是挺细致的，这里Immugent只是选取了一部分结果将文章思路简单串了一下，想认真学习文章设计的小伙伴还是下载原文认真读一下才好。

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展望

在过去二十年的科研工作中，高通量测序技术的开发使得科研人员能够清晰的认识很多基因的本质。但是在之前的研究中，研究人员多数是基于基因组，或转录组数据对相应的科学问题进行研究，事实上这两个组学其实都是偏上游的。我们知道在很多情况下高表达的基因并不是都行使着重要的生物学功能，那是因为机体后续还有很多其它机制来调控着生物学事件，如表观遗传的修饰。而蛋白是基因最终行使功能的主要分子，因此基于蛋白层面的研究会更加接近于最终的生物学问题。除此之外，还有更进一步的代谢组学，它是生物学功能的最终反应。

文章除了基于蛋白组学进行研究这点值得我们学习之外，另一个就是如何通过数据挖掘找到具有新功能的分子，可以说如果这项研究的作者没有发现CTSE，TKTL1这些新基因，是不会发表在NC上的，充其量也就是7-8分左右的水平。因此，我们自己以后的研究也要多多关注新分子，或者是明星分子的新功能，那样的工作才会受到编辑的喜爱。

好啦，本期分享到这就结束了，我们下期再会~~