构建Docker镜像实例

一、认识Dockerfile

Dockerfile是用来描述文件的构成的文本文档，其中包含了构成镜像的所有命令，通过docker build 命令识别Dockerfile可以自行构建镜像。

通过Dockerfile生成的镜像，可以明确知道镜像中所包含的软件和生成过程。

Dockerfile常用语法只有11个：

示例：

官方Dockerfile一----conda/miniconda3

https://hub.docker.com/r/conda/miniconda3/dockerfile

FROM debian:latest
MAINTAINER Conda Development Team <conda@continuum.io>

RUN apt-get -qq update && apt-get -qq -y install curl bzip2 \
    && curl -sSL https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -o /tmp/miniconda.sh \
    && bash /tmp/miniconda.sh -bfp /usr/local \
    && rm -rf /tmp/miniconda.sh \
    && conda install -y python=3 \
    && conda update conda \
    && apt-get -qq -y remove curl bzip2 \
    && apt-get -qq -y autoremove \
    && apt-get autoclean \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/* /var/log/dpkg.log \
    && conda clean --all --yes

ENV PATH /opt/conda/bin:$PATH

解读:

1.基于镜像debian:latest（Debian是一种操作系统，等比ubuntu）
2.作者是Conda官方
3.执行命令是升级apt-get和下载miniconda安装包并解压、安装。
4.最后是讲conda安装路径加入到环境变量中。

官方Dockerfile二----makaho/hisat2-zstd

https://hub.docker.com/r/makaho/hisat2-zstd/dockerfile

# Set the base image to debian based miniconda3
FROM conda/miniconda3

# File Author / Maintainer
MAINTAINER Matthias Becker

RUN conda config --add channels r
RUN conda config --add channels defaults
RUN conda config --add channels conda-forge
RUN conda config --add channels bioconda

RUN conda install -y hisat2=2.1.0
RUN conda install -y zstd
RUN conda install -y pigz
RUN conda install -y fastp=0.13.1

解读:

1.基于镜像conda/miniconda3，也就是示例一构建的镜像
2.作者是Matthias Becker
3.执行设置conda的下载源的命令
4.使用conda下载对应的软件。

官方Dockerfile三----yyabuki/stringtie

https://hub.docker.com/r/bmennis/stringtie/dockerfile

FROM ubuntu:18.04

RUN \
  apt-get update && apt-get -y upgrade && apt-get install -y build-essential make git wget zlib1g-dev libbz2-dev && \
  wget -c http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.tar.gz && \
  tar -zxvf stringtie-1.3.6.tar.gz && \
  cd stringtie-1.3.6 && \
  make && \
  cp stringtie /usr/local/bin

解读:

1.基于镜像ubuntu:18.04
2.相应升级后下载stringtie安装包并解压
3.make编译（不少生信软件解压后需要make编译）

二、简洁明了的Dockerfile

编写简介的Dockerfile主要需要以下几点：

• Dockerfile层级不宜过多，越多镜像越大。
• 构建过程中及时删除无用的log文件、压缩包等。
• 需要安装通关网络下载的安装包，可以先手动下载，通过add命令添加进镜像

拿第一个官方的Dockerfile示例来看

推荐

RUN apt-get -qq update && apt-get -qq -y install curl bzip2 \
    && curl -sSL https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -o /tmp/miniconda.sh \
    && bash /tmp/miniconda.sh -bfp /usr/local \
    && rm -rf /tmp/miniconda.sh \
    && conda install -y python=3 \
    && conda update conda \
    && apt-get -qq -y remove curl bzip2 \
    && apt-get -qq -y autoremove \
    && apt-get autoclean \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/* /var/log/dpkg.log \
    && conda clean --all --yes

不推荐

RUN apt-get -qq update && apt-get -qq -y install curl bzip2 \
RUN curl -sSL https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -o /tmp/miniconda.sh \
RUN bash /tmp/miniconda.sh -bfp /usr/local \
RUN rm -rf /tmp/miniconda.sh \
RUN conda install -y python=3 \
RUN conda update conda \
RUN apt-get -qq -y remove curl bzip2 \
RUN apt-get -qq -y autoremove \
RUN apt-get autoclean \
RUN rm -rf /var/lib/apt/lists/* /var/log/dpkg.log \
RUN conda clean --all --yes

简单看第二种好像更加规整，但第二种所用的层级更多，这会导致占用更多的空间，这个看上去差别不大，但当是用conda安装R包的时候，差异更加明显。

第二种也有优点，如果中间某一步因为使用网络安装软件等问题中断时，重新built镜像，第一种就会重新开始，而第二种会在报错的前一个层级继续往下构建镜像，在时间上有节约。

因此，推荐先手动在镜像中测试安装命令，大文件先手动下载到本地，然后通过add等添加到镜像中，可以节省很多测试时间。