蛋白互作网络PPI-1

2019-12-06 本文已影响0人 Cady_duan

String【https://string-db.org/】

2019.11.22 拿到有参转录组的数据，gene name 都是序列号，还不知道怎么用拿到的序列号，查阅到相关的基因名以及基因简写。所以将gene name 转入Srting还是个问题，并且我的参考基因组不是模式生物，不知道选用模式生物是否可以。我参考基因组生物是个四倍体，模式生物是个二倍体。

——有待解决。

2019.11.23 联系老师，沟通了一下对gene name的看法，gene description 可能就是gene name ，我发现很多不一样的序列号的gene description 是一样的，那么我需要检索一下序列号，看参考基因组描述的gene description 是否是一样的。看公司是否在注释上存在问题。String 只能选择是斑马鱼，因为在有限的条件下这是最好的选择。

联系完公司，结果是我可以不纠结gene name 了，公司可以帮我做出PPI的数据，我自己再用cytoscape作图。

cytoscape，是一款免费且是开源的软件，是做网络互作关系最好用的软件之一，有很多强大的功能。PPI 是其中之一。

此软件的下载安装需要java的环境，不能用可能是没有安装合适的java版本。

下载安装好之后，在菜单栏app store安装MCODE和centiScape 这两个小软件，用于后来对蛋白互作网络中，蛋白的筛选。

诚如我已经有蛋白互作的表格了，表格里有蛋白、靶蛋白和互作得分。互作得分是string利用各种因素计算互作关系，并加权后的结果。（意思是我也不是很清楚。）如何已经有这样一个excel或txt表格了，那么我们 file-import-network-file 出现如下界面：点击其中一个note protein的下拉箭头

score 选择的而是紫色的方向箭头。靶心是node2。