RNA-seq分析流程大比较
2018-11-14 本文已影响100人
热衷组培的二货潜
-
HISAT2+StringTie+Ballgown
-
Tophat2+cufflinks+cuffdiff
-
HISAT2+featureCounts+DESeq2
-
Tophat2+featureCounts+DESeq2
-
subread+featureCounts+DESeq2
-
subread+HTseq+DESeq2
-
Tophat2+HTseq+DESeq2
image.png
-
可以看出比对软件相同时候，HTseq 和 featureCounts 的差异基因结果差别很小。
-
比对软件不同时候，使用相同的reads call 软件，最后使用DESeq2得到的结果差别也很小
-
当使用三套不同的流程时候，cuffdiff 和 DESeq2得到的结果表现比较一致，Ballgown得到的结果差别最大。
