ChipQC
SSD
SSD值是对富集效果的评估。SSD值依赖于全基因组的pile-up信号强度，对真实的ChIP富集和干扰的强信号区域都很敏感。SSD值越大表明富集越好。
“It provides a measure of pileup across the genome and is computed by looking at the standard deviation of signal pile-up along the genome normalised to the total number of reads. ”
FRiP:Fraction of reads in peaks
FRiP表示的是peaks中的reads与总reads的比例。它是另一个反映样本富集效果或IP好坏的评价指标。可以理解为是“信噪比”即文库中结合位点片段占背景reads的比例。一个典型质量好的TF富集FRiP值约5%或者更高，polII的FRiP值约为30%或者更高，也有一些质量好的数据FRiP值<1%（如RNAPIII）
Relative Enrichment of Genomic Intervals (REGI)
REGI是对peaks在不同基因组特征位点分布的统计。
RiBL: Reads overlapping in Blacklisted Regions
过滤人工造成的高信号区域非常重要，如ENCIDE和modENCODE提供的DAC Blacklisted Regions track。这些区域经常在特定的重复序列处出现，如着丝粒、端粒、卫星重复序列等，通过简单的比对过滤是不能去除的。来自blacklisted regions的信号会造成call peak 和片段长度评估的混淆。
RiBL值可以表示背景信号或input的信号水平，与input sample的SSD值以及input和ChIP sample的读长覆盖值相关。这些区域通常是基因组的0.5%，或者更高的比例（10%）。
第5篇：对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估（二）——ChIPQC - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)
