pysam文档翻译
2021-04-24 本文已影响0人
byejya
缘由：源于代码脱shell的需求，总是调用samtools非常麻烦，所以需要再对pysam文档认真阅读，找到替代方法。
p36：在python中使用samtools，给的例子是sort，这里我要用的是view，查看如下：
1
对比samtools：
1·
完全一样。
sort：
pysam
1
samtools
1
替换shell ，减少中间文件数量，直接保存为带头文件的bam，解决mate问题。
7
mate，问题是会不会找到多个？多个怎么办。
meta相关测试：
1.写入
2.可能没有索引文件？
22
