2021-09-19-转录因子预测（不断跟新）
2021-09-19 本文已影响0人
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转录因子(Transcription Factors，TFs)，是指能够以特定序列与基因专一性结合，从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录，以形成指导基因组表达的复杂系统。许多转录因子充当着主调节因子和选择基因的角色，控制着细胞类型的决定、发育模式和特定途径控制(如免疫反应)的过程。
转录因子数据库
AnimalTFDB
AnimalTFDB 3.0数据库去年９月份更新，是华中科技大学郭安源教授团队建立并维护的。
数据库收录的信息非常全，涵盖了97个物种、12万的转录因子、8万的转录辅因子（Cofactor）以及这些转录（辅）因子的家族、表达、通路、表型、蛋白互作等等信息。我们可以根据物种信息搜索和下载相应的TFs，也可以直接看每个转录因子的基本信息，如功能结构域、互作网络及表达等。
2个在线预测工具Predict TF和Predict TFBS（分别可以批量预测转录因子和预测DNA序列上的转录因子结合位点）。
predict TF需要上传蛋白的FASTA序列
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转录因子结合位点
转录因子的结合位点（transcription factor binding site，TFBS）是转录因子调节基因表达时，与基因模板链结合的区域，即与转录因子结合的DNA片段，长度通常在5~20 bp范围内。
转录因子与特异性DNA结合通常概括为“基序”(motif)
参考：
简书1
