readmaf读取样本名报错

一、isTCGA是个什么参数，到底什么时候加？

首先，对读取gz格式还是txt格式没有啥特别要求

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二、但是读取后，样本名称有显著改变，即sampl barcode有差异

isTCGA = T

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isTCGA = F及为默认值
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嘻嘻，在这里可能暂时看不出来有啥用，但你挑选标本就好用多了
这里报错的原因就是，maf和你提供的样本名不一致导致的

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三、这里提供一个筛选的标准流程

#---临床信息获取，并提取行名1——12位-----------------
clindata$sample <- sub_str(rownames(clindata),1,12)
table(clindata$group)
#---拿到想要的样本名字-----------------------
ID1 <-clindata$sample[clindata$group=="high"]
ID2 <- clindata$sample[clindata$group=="low"]
ID <- clindata$sample

#-------提取特定样本的突变信息-----------------
maf1 <- read.maf('All_maf.txt',isTCGA = T)%>%subsetMaf(tsb = ID1)
maf2 <- read.maf('All_maf.txt')%>%subsetMaf(tsb = ID2)