生信入门者需要知道的建议-（转载）
生信入门者需要知道的建议
本文转自----生信菜鸟团
原创 lakeseafly
作为一个过来人，很明白作为生信小白的感受，容易踩坑，犯错误，会迷茫不知道怎样解决一些遇到的问题。对于这方面的疑惑，最近读到一篇很好的文章，对小白常遇到的问题给予了一系列的建议。
下面和大家简单分享一下：
有时候，你总找不到满足你需求的工具，这时候你需要自己的脚本
通常百分之八十以上的分析，都是有人做过的。在这样情况下，网上是有现成的轮子（工具），我们只需要花点时间去Google一下，答案或者脚本总会能被找出来。但是随着分析越来越深入，你开始挖掘一些你所感兴趣的个性化问题时，就找到能找到满足你要求的现成的工具。这时候，因为没人做过你的分析，基本是没有现成的轮子的，需要通过你自己来编写脚本。这时候就需要把你的编程技能展示出来，达到你的目的。
有时候，你会发现太多工具能满足你的需要
工具太少，你需要写自己的脚本，太多又会变成选择困难症。究竟该使用哪个工具，哪个工具才是最合适我的数据的呢？如果你够幸运，又或者这个工具是很常用的工具。这时候你可以在一些综述，或者与该工具相关的文献中，找到与之相关的多个工具的对比测试报告（比如比对工具，往往会和将多个工具相比较，比较哪个工具的比对率高，所需时间，线程或者内存更少）。在这些文章中，作者一般会使用不同的数据测试这些工具，并且给予你该什么情况下，使用什么样的工具的建议。但是并不是所有的工具都具有比较权威的比较实验，这时候你需要利用自己的数据，测试出最合适你的工具。当然，当你从一个小白进化成老鸟后，随着你经验值的增加，你会慢慢的积累出什么数据该用什么工具的经验。
分析上存在的很多问题，其实很大程度上源自于你的数据
有时候我们得到分析结果后，发现有一些生物学的问题比较奇异。然后你试图解析为什么会产生这样的结果。经过严格地检查后，你没有发现你分析流程上有任何的错误。这时候，你需要考虑，这是因为你的原始数据有问题所产生的。常见的由测序产生的问题有很多，如PCR的偏倚性（如果你的数据的GC含量中发现异常，那么我可以很肯定是PCR的偏倚造成的），又比如测序中可能会存在污染的reads等。为了减少数据质量对分析的影响，我们在分析之前一定要做好质控的工作，将低质量的数据过滤或者去除。
安装工具并没有你想像中那么容易
如果你是生信小白，刚刚接触Linux，你一定习惯于“过去的软件安装方式”。下载后软件后，双击安装包以进行软件的安装。但是对于大多数的生物信息分析软件，其安装方式都是基于命令行的。软件安装可能会涉及到不同的步骤，并且需要安装各种依赖的包或者工具。另外还需要注意到的是，你还可能需要应对不同的环境变量。不同工具在同一个环境中会存在冲突。由于这些原因，对于个别的工具安装（例如maker注释工具），其耗时可能比你分析运行本身需要更长的时间。
当然对于工具的安装，你也不需要害怕。安装工具是每个生信工作者的必修课。你的安装经验，会随着你安装工具的次数和耗时慢慢增加。另外一些工具例如conda或者docker，都可以帮助你更加轻松的安装和管理你的软件。
当你等待你分析结果时，你仍然可以很多其它事
对于很多生信小白来说，递交了分析工具就感觉万事大吉了。然后一遍一遍查看进程，等待着分析的完成，结果的输出。相信每个人，在刚刚入门时候都会有这样的经历。等待分析结果，是我们每个生信工作者都必须面对的事情。在等待途中，我们不必一直查看进程（你并不会加速你分析的进程），我们可以利用好中间这段分析进行的时间，进行文献阅读，回复邮件，或者与你的小伙伴进行讨论。在一定周期，对你的工作进行查看即可。当你经常运行某些分析，对某些软件非常熟悉时，你可以大概估算出运行的时间。
你必须主动地获得软件的"支持和帮助"
当你运行某一款工具并遇到了问题，你试图通过Google或者biostar 进行求助后，仍无法解决。这时候千万不要坐以待毙，联系该工具的作者（可以通过邮件，或者大多数工具都有对应的GitHub，可以在相应的issue板块进行留言），他们是最能帮助你的人。我曾经有过这样的经历，我花费了好几个星期在biostar上寻求解决某一个工具遇到的bug，但是很多回答并没有根本解决我的问题。在最后，我联系了该工具的作者。他们只花了一天就点明了我的问题所在，原来他们的工具在分配内存时候，存在一个小的bug，当运行数据量过大时候，就会断掉。后面经过他们的两三天的修改，更新版本后的工具如愿以偿的完成我需要的大数据的分析。记住，工具作者是最了解他们自己工具的人，有问题他们一定是你最需要联系的人。
后记
对于生信小白来说，这些建议只能说是有助于避免千千万万的坑之一。但是，我们需要记得一点是，作为新手我们不需要害怕踩坑。踩坑是我们成长积累经验的过程，这是每个人都需要经历的一段经历。最后，欢迎大家在下面的留言区，分享你作为小白踩坑的经历，并且可以的话，把你的认为可行的建议也附上。使更多小伙伴收益。
